Die ursprüngliche Orgel der Stephanuskirche stammte von der Firma Steinmeyer. 1965 wurde überlegt, diese Orgel mit 2 500 Pfeifen für 40 000 DM zu reparieren, aber man entschloss sich, eine neue Orgel zu erwerben. So wurde die alte Orgel an die Immanuelkirche in München-Denning verkauft. Den Abtransport und den Wiedereinbau besorgte die Orgelbaufirma Steinmeyer. Die Einweihung in der Immanuelkirche fand am 30. Juli 1965 durch Dekan Georg Lanzenstiel statt.
1968 erhielt die Stephanuskirche eine neue Orgel mit 37 Registern (Pfeifenreihen) von der Orgelbaufirma Detlef Kleuker in Brackwede/Westfalen. Die feierliche Orgelweihe durch Dekan Georg Lanzenstiel fand am 9. Februar 1969 statt und wurde auch vom Bläserensemble der Stephanuskirche musikalisch bereichert. Die Disposition gliedert sich in folgende Werke: Das Rückpositiv ist eine Kleinorgel im Rücken des Organisten mit acht Registern. Das Hauptwerk im Zentrum der Orgel umfasst zehn Register.
Die Pfeifen des Schwellwerks sind in einem großen Kasten untergebracht, der durch Jalousien geöffnet und geschlossen werden kann. Die Jalousien kann der Organist vom Spieltisch mit einem Pedal steuern. Durch das Öffnen und Schließen der Jalousien sind dynamische Schattierungen von Piano bis Forte möglich. Das Schwellwerk hat zehn Register.
Das neun Register große Pedalwerk umfasst alle Pfeifenreihen, die mit den Füßen gespielt werden können. Seine Pfeifen befinden sich in den beiden großen „Türmen“ links und rechts vom Hauptwerk.
Insgesamt haben die vier Werke 2 658 Orgelpfeifen. Die Kosten von schätzungsweise 180 000 DM für die gesamte Orgel wurden durch Spenden der Gemeinde finanziert. Die Gesamtkirchengemeinde half damals mit einem zinsfreien Darlehen in Höhe von 40 000 DM aus. 1974, nach nur fünf Jahren, war der Orgelneubau abbezahlt.
„In klanglicher Hinsicht ist diese Orgel auf die Musik aus dem Barock hin orientiert. Die Orgel hat aber auch Register und Vorrichtungen, durch die es ermöglicht wird, Orgelwerke der Romantik und der Neuzeit stilgerecht zu interpretieren“, so der damalige Kantor Gustav Seiler, der sich entschieden für den Orgelneubau eingesetzt hatte, in einem Beitrag für die Festschrift zum 30-jährigen Bestehen der Stephanuskirche.